tensorflow

使用 jupyter/tensorflow-notebook 时缺失pydot, graphviz 的解决方案( jupyter pydot, graphviz in docker )

jupyter loss pydot / graphviz

Posted by GiraffeTree on April 7, 2019

使用 jupyter/tensorflow-notebook 时缺失pydot, graphviz 的解决方案( jupyter pydot, graphviz in docker )

概述

我在使用 jupyter/tensorflow-notebook 时, 使用到了 keras.utils.vis_utils 这里面的 plot_model, 但这个工具依赖了 pydot, 在我使用的镜像中没有默认安装, 并且pydot 还依赖了 graphviz.

本篇文章主要解决了以下问题

  1. 缺失依赖 pydot, graphviz

    • `pydot` failed to call GraphViz.Please install GraphViz 
(https://www.graphviz.org/) and ensure that its executables are in the $PATH.

  2. 在docker 容器内部权限不足的问题

解决

主要步骤

  1. 在容器中拥有root权限
    • 需要在容器启动时指定为 root 用户, 如何指定请查看下面的详细步骤
    • 关于为什么要使用root用户呢? 因为在之后的安装中仅使用 jovyan 用户会有权限不足的情况
  2. 安装
    • sudo apt-get install -y graphviz libgraphviz-dev
    • pip install pydot graphviz

详细步骤

这里先介绍下我的image和启动命令

docker run -d -p 8888:8888 -v /Users/chencheng/2019/Mar/jupyter:/home/jovyan/ --user \ 
root -e GRANT_SUDO=yes --name notebooks jupyter/tensorflow-notebook \ 
start-notebook.sh --NotebookApp.token=''

说明下重要参数

--user root 指定用户, 确保你在容器内为root 用户

-e GRANT_SUDO=yes 为jovyan用户提供无密码sudo功能。用于安装OS软件包。要使此选项生效，必须运行容器--user root。

--NotebookApp.token='' 用过jupyter 的人都知道, 在进入jupyter网页时, 它会要求你输入登录密码, 因为我在自己本地跑的, 我觉得这很麻烦, 所以这里我设置成没有密码直接登录了.

如果你想了解其他参数 -> https://github.com/Paperspace/jupyter-docker-stacks/tree/master/tensorflow-notebook

然后

# 首先你需要进入容器
docker exec -it notebooks /bin/bash
# 更新下 apt-get, 否则你可能会遇到一些问题
sudo apt-get update
# 等待安装吧
sudo apt-get install -y graphviz libgraphviz-dev
pip install pydot graphviz

最后你需要重启jupyter的kernel, 享受这个util给你带来的便捷了.

你可能遇到的问题

Unable to locate package graphviz

你可能遇到了下面的问题, 不用担心, sudo apt-get update 更新完成即可使用

root@b46c3d4ef520:~# sudo apt-get install -y graphviz libgraphviz-dev
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
E: Unable to locate package graphviz
E: Unable to locate package libgraphviz-dev

Could not open lock file /var/lib/dpkg/lock-frontend - open (13: Permission denied)

没错, 你可能没有root 权限, 你需要在容器启动时设定使用 root, 看看启动 docker 容器时的命令有没有错

jovyan@868296237e8b:/lib$ apt-get install graphviz

E: Could not open lock file /var/lib/dpkg/lock-frontend - open (13: Permission denied)
E: Unable to acquire the dpkg frontend lock (/var/lib/dpkg/lock-frontend), are you root?
FRIENDS